现在许多人的个人存款超过了50万甚至更多，然而为什么他们不受存款制度保护？

首先我认为你的理解不够准确，除了一种人特殊情况（下文中会有说明）之外，任何个人的存款，在国内银行的存款都是受存款制度保护的，只是有限额而已。
在哪里的存款受保护？
只要是国内设立的商业银行（包括四大行、股份制银行、城商行等）、农村合作银行、农村信用合作社等依法有权吸收存款的银行金融机构及其分支机构，都需要规定投保存款保险，个人在这里的存款是受到存款保险制度保护的。
国内银行在境外设立的分支机构，国外银行在境内设立的分支机构不受存款保险制度约束，个人在这里的存款是不受存款保险制度保护。
限额
虽然个人在上述银行机构的存款受到保护，但是在在赔付时，确实有限额的，这个限额目前是50万元，但这个限额并不是永远不变的，按照《存款保险条例》相关说明，限额将根据经济发展、金融风险状况等因素，经批准后适时调整，也就是未来可能是100万甚至更多。
需要特别说明的是，这50万元限额既包括人民币存款，也包括外币存款，既包括存款本金，也包括存款产生的利息，既包括存单，也包括卡和存折，按照规定来说，同一存款人在同一家银行所有账户的存款本金和利息合并计算的资金数额在最高偿付限额以内的，实行全额偿付。
为什么会有50万元的限额？
存款保险的限额设置，其实是和有学问的的，设低了，可能达不到保护大多数人的目的，设高了，又有可能引发银行和保险机构的道德风险，
2015年在制定存款保险制度的时候，参考了国际上的其他国家做法，从其他实行存款保险制度的国家来看，最高偿付限额一般为人均GDP的2至5倍，按照我国2013年人均GDP4.39万元计算，限额应设在10-20万元，但是我国无论是存款规模还是居民储蓄意愿，都在世界上处于领先水平，储蓄存款在居民投资中占据的比例极大，因此选择最终设置为为2013年我国人均GDP的11.38倍倍，也就是50万元。
根据央行的统计，50万元的限额，已经能够为99.63%的存款人提供全额保护。