余额宝本金亏损的话，支付宝的一元投保会赔偿吗？

不会赔偿。因为余额宝对接的是货币基金，而“一元投保”（一般为2元，微信等直接免费）仅是账户安全险，属于财产险，主要承保范围为账户资金被盗取，不承保投资风险。
假设余额宝对接的货币基金（多只）亏损进行赔付，那么在支付宝里购买其他基金亏损就能得到赔付了，因为其性质是一样的，支付宝在其中都仅是销售方，不参与基金的管理和运营。显而易见，其他基金亏损不能得到赔付，比如股票基金随时都可能亏损，那么同理，货币基金也不能赔付。
很多人以为余额宝是支付宝产品（支付宝参与管理和运营），其实不是的，它跟支付宝中蚂蚁财富销售的其他基金一样，仅是销售方，赚取销售服务费，并不参与基金的管理和运营，仅是把余额宝放在不同的地方销售罢了，用户实际收益率还是来自于货币基金本身。
而支付宝账户安全险仅是财产险，提供账户安全保障，并不参与提供投资收益保障。投资收益保障也不是保险的保障范畴，保险公司一般不提供投资收益保障。
即支付宝账户安全险只有在资金被盗取的时候能得到赔付，具体的赔付范围（怎样被盗取）可参考相关条款，并不是钱不见了就能赔付，万一监守自盗呢！
但是呢，余额宝对接的是货币基金，而货币基金是不可能长期亏损的，毕竟其投资标的为短期货币工具，主要为国债、央行票据和同业存款等，其本身的信用风险极低，流动性强。要说亏损，至多只是单日亏损，比如人们大额集体赎回，那么就可能因流动性不足变卖资产，导致短时间收益为负（亏损）。比如在2006年就有两只货币基金出现此种情况，但第二天收益便恢复正值。
如果担心货币基金亏损，那么更要担心智能存款（创新型现金管理类产品）和结构性存款因流动性导致的亏损。